Una vez terminados sus estudios eclesiásticos y ordenado sacerdote, años más tarde, en 1927, el papa Pío XI  le preconizó obispo de Tarazona donde le sorprendería la llegada de la II República. En 1933 sería nombrado arzobispo de Toledo y Primado de la Iglesia española. A últimos de 1935 fue elevado al cardenalato y la guerra le sorprende en Tarazona donde ya asume, como cardenal Primado,  un importante papel a lo largo de toda la contienda., Comenzó con un texto, en apoyo de los nacionales, que tituló «El caso de España» que fue muy difundido por todo el mundo y sólo superado por la «Carta colectiva del episcopado español».

 

En diciembre de 1936 viajó a Roma donde se entrevista con el Secretario de Estado, cardenal Pacelli, insistiéndole la conveniencia de reconocer el nuevo Gobierno de Burgos.  Al mismo tiempo recibe la noticia de que  Pío XI quería tener una entrevista personal con él. Durante la misma, el Papa lee una proposición del embajador francés, en que le pide apoye una propuesta de intervención a favor de España por parte de aquella nación e Inglaterra. Su Santidad dicta: Que sí, con todo fervor porque es oficio conforme a su ministerio… Pero el ambiente que encontró en Roma hacia el bando franquista no era el que él esperaba debido a la enorme campaña que ejercía en muchos medios la propaganda marxista y a la que ahora se unía la de los nacionalistas vascos y catalanes. Fue entonces cuando resuelve redactar un nuevo «Informe» que entrega al cardenal Pecelli el 15 de diciembre y en el que se refiere al Gobierno de Burgos como máxima garantía en cuestión de su adhesión a la Iglesia, a su doctrina y leyes. «Sí puede afirmarse que en su conjunto forma un bloque de hombres cristianos, la mayor parte católicos prácticos, varios de ellos hasta piadosos, que están dispuestos a orientar al Estado Español en el sentido de su tradición». Arremete contra los partidos que forman el conglomerado marxista donde «no hay un solo hombre que no repudie a la Iglesia y que no haga cuanto esté de su parte para destruirla». Habla del nacionalismo vasco, «hoy aliado de los rojos», en el que piensa que hay muchos y buenos, y que por eso no deja de ser «una verdadera aberración». Le dice también que está convencido de que el movimiento militar es el «único recurso de salvación». 

 

No obstante al interés que en todo momento estaba poniendo el cardenal Gomá para que el Gobierno de Burgos fuera reconocido por el Vaticano, éste no acababa de decidirse. En una entrevista que Franco mantuvo con el cardenal Gomá, aquél le manifestó que su mayor intranquilidad en esos momentos, sobre sus relaciones con la Iglesia de Roma, era la actuación de los agentes separatistas vascos cerca del Vaticano. En una nueva entrevista,  Franco le expuso en esta ocasión, su preocupación por la influencia ante la Santa Sede de algunos sacerdotes nacionalistas. Por todo ello propuso al Primado que los obispos españoles fueran también a Roma a exponer al Papa la verdadera situación de lo que estaba ocurriendo con la Iglesia en los territorios ocupados por los rojos. Gomá mostró su disconformidad a esa idea y así se lo dijo. Por el contrario, le habló entonces del proyecto de un escrito que iría dirigido a los obispos de todo el mundo. Era la «Carta colectiva» que alcanzó los objetivos que se había propuesto porque llegó a los prelados repartidos por los cinco continentes. Cuando se publicó, julio de 1937, ya habían sido asesinados en España once obispos.

 

En octubre del mismo año, hizo su introducción pública como Encargado de Negocios, en el Palacio de la Isla en Burgos, Mons. Antoniutti en representación de la Santa Sede. Al mismo tiempo, dirigía su primer cumplido oficial: «Nombrado por su Santidad Encargado de Negocios de la Santa Sede cerca del Gobierno de la España nacional, mi primer acto es enviar un saludo reverente y cordial al dignísimo Episcopado de esta nobilísima y católica Nación». En igual mes, el cardenal Gomá, un catalán que amó y luchó por España, finalizaba su gestión como representante del Vaticano ante el Gobierno de Franco.